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In den Basisprogrammen erfolgt die Förderung von wirtschaftlich verwertbaren Forschungsprojekten von Unternehmen, Forschungsinstituten und EinzelforscherInnen. Wesentliche Kriterien für die Förderung sind dabei der Innovationsgehalt, der technische Schwierigkeitsgrad des Projekts, die wirtschaftlichen Verwertungsaussichten sowie die Perspektive, dass durch das Projekt die Forschungstätigkeit des/der Bewerbers/in intensiviert wird. Weiters gibt es im Rahmen der Projektförderung im Basisprogramm Initiativen (z. B. Dienstleistungsinitiative, EFRE-Förderung), Länderkooperationen (z. B. Land OÖ, Land Salzburg) und Programmlinien (z. B. Feasibility Studies, Young Experts, Start Up, Competence Headquarters, Collective Research). Sie dienen der Umsetzung konkreter forschungspolitischer Ziele, etwa der Hebung des Technologieniveaus forschungsschwacher Branchen, oder auch der Intensivierung der Forschungstätigkeiten in zukunftsrelevanten HighTech-Gebieten. Projekte sind selbstverständlich auch in Kooperation mit Unternehmen oder Forschungseinrichtungen (Universitäten, Fachhochschulen, außeruniversitären Forschungseinrichtungen) möglich. Die Wirkung der Förderung im Basisprogramm wird jährlich auf Verwertungsergebnisse und Arbeitsplätze ex-post evaluiert.