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Die Förderung umfasst Forschungs- und Technologieprojekte zum Zweck eines Kompetenzaufbaus im regionalen Innovations-Ökosystem und des Transfers in die Wirtschaft. Mittels der angestrebten Stärkung der Forschungs- und Transferkompetenzen kann die Relevanz der Ergebnisse aus dem Wissenschaftssystem für den Wirtschaftsstandort erhöht und der Transfer in die Unternehmen erleichtert werden. Durch Forschungsprojekte sollen Kapazitäten auf- und ausgebaut werden, die es ermöglichen, neue zukunftsfähige Bereiche und Potenziale für intelligente Spezialisierungsfelder der Zukunft zu erschließen und Wirtschaftsakteure, allen voran KMU, hinsichtlich der Generierung von Innovationen zu stärken. Neben dieser dynamischen Sichtweise auf intelligente Spezialisierung werden auch direkte Transfer- und Kooperationsprojekte zwischen Forschung und Wirtschaft unterstützt.
Direkte unternehmensinterne F&E stellt zwar einen zentralen Baustein im Transfersystem dar. Die Förderung betrieblicher F&E-Projekte wird aber aufgrund administrativer Überlegungen nicht mehr über den EFRE kofinanziert und ausschließlich auf nationaler Ebene umgesetzt.