Auf Antrag werden Maßnahmen der Gewässerinstandhaltung und -pflege gefördert. Dies beinhaltet, neben der Beratung der Interessenten, die Abwicklung der Förderung auf Basis der Bestimmungen des Wasserbautenförderungsgesetzes sowie den Vereinbarungen zwischen Bund und Ländern zur Bundeswasserbauverwaltung.
Dies umfasst die Prüfung geplanter Instandhaltungsmaßnahmen, die Sicherstellung der Förderung und Finanzierung sowie die Veranlassung, Koordinierung und Überprüfung der Umsetzung. Davon betroffen sind auch die Maßnahmen der Gewässerpflege. Erfassung aller wesentlichen Projektdaten in das Förderungsinformationssystem, laufende Ergänzung und Aufbereitung aller Daten betreffend Fördermittelbereitstellung inklusive Regierungssitzungsantrag, Bereitstellung von Grundlagen für die Förderungsabwicklung, Auswertungen für führungs- und budgettechnische Aufgaben, Controlling, Berichtswesen (Förderungsmanagement Schutzwasserwirtschaft).